La facturation électronique devient une obligation incontournable pour les auto-entrepreneurs. En plus de répondre aux exigences fiscales, elle s’inscrit dans une logique de numérisation des échanges et de modernisation administrative. Comprendre les nouvelles obligations, les outils adaptés et les bonnes pratiques permet de rester en conformité tout en simplifiant sa gestion quotidienne.
Définition et enjeux de la facturation électronique pour les auto-entrepreneurs
La facturation électronique désigne l’émission, la transmission et la réception de factures sous format numérique, avec un contenu structuré permettant un traitement automatisé.
Elle ne se limite pas à un simple PDF envoyé par email. Pour être conforme aux standards actuels, la facture doit contenir des données lisibles par les systèmes d’information comptable, facilitant ainsi les contrôles fiscaux et les reportings.
La facturation électronique auto-entrepreneur représente un gain de temps, une réduction du risque d’erreur et une automatisation des obligations de déclaration.
“La facture électronique est un document émis et reçu sous une forme électronique, structuré selon un format défini, et sécurisé conformément aux exigences fiscales en vigueur en France.” — Direction Générale des Finances Publiques
Cadre légal : directives européennes et législation française
La réforme repose sur l’ordonnance du 15 septembre 2021, qui établit la généralisation de la facturation électronique entre assujettis (B2B). Cette ordonnance intègre la directive 2014/55/UE du Parlement européen sur la facturation dans le cadre des marchés publics.
La loi impose également la transmission des données de transaction à l’administration fiscale via un portail certifié. Cette obligation légale vise à lutter contre la fraude à la TVA tout en automatisant les contrôles fiscaux.
Calendrier des obligations pour les auto-entrepreneurs
La mise en œuvre de la réforme est progressive et dépend de la taille de l’entreprise :
| Date | Obligation | Entreprises concernées |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Réception obligatoire des factures électroniques | Toutes les entreprises, y compris les auto-entrepreneurs |
| 1er septembre 2027 | Émission de factures électroniques | Microentreprises, TPE, indépendants |
Cela signifie que tous les auto-entrepreneurs devront être en mesure de recevoir des e-factures d’ici 2026, et de les émettre dès 2027.
Pour découvrir une solution de facturation électronique adaptée aux auto-entrepreneurs, il est recommandé d’opter pour un outil comme Abby conçu pour la conformité et la simplicité.
Formats et standards : Factur-X, XML, … que choisir ?
La norme la plus essentielle à connaître est le format Factur-X. Il associe un PDF lisible par l’humain à un fichier XML structuré, lisible par les machines. Cela garantit l’interopérabilité entre systèmes, tout en restant compréhensible pour l’utilisateur.
- Factur-X : recommandé et compatible avec la majorité des logiciels.
- UBL, CII, XML : formats plus techniques, rarement utilisés en auto-entreprise sauf pour certains clients publics.
Mon conseil : pour éviter toute erreur, privilégiez toujours un logiciel proposant des exports en Factur-X natif. Cela vous évite d’avoir à convertir manuellement les factures ou d’installer des certificats compliqués.
Les plateformes d’échange : Plateformes Agréées (PA)
Les factures transiteront par des plateformes privées agréées par l’administration
Ces plateformes assureront la transmission des données à l’administration fiscale
Comment choisir son logiciel de facturation électronique ?
Pour répondre aux futures obligations, un logiciel compatible avec la facture électronique est indispensable. Le bon outil doit :
- Générer des factures au format structuré (Factur-X).
- Être interopérable avec une PA.
- Offrir une interface simple, intuitive et parfaitement adaptée au régime micro.
- Automatiser l’archivage légal des documents
Certains outils, comme Abby, logiciel de facturation pour auto-entrepreneurs, proposent une intégration directe avec les exigences fiscales françaises, en plus d’une gestion simplifiée de tout l’aspect administratif.
Démarche pas à pas pour émettre une facture électronique conforme
Voici les étapes clés à suivre :
- Créer une facture en s’appuyant sur un modèle structuré (Factur-X recommandé).
- Vérifier les mentions légales obligatoires (TVA, numéro SIREN, date d’échéance, etc.).
- Transmettre via une plateforme agréée
- Archiver la facture de manière sécurisée
Bonnes pratiques pour la gestion, l’archivage et la sécurité
La conservation des documents reste obligatoire pendant 10 ans. L’utilisation d’un coffre-fort numérique ou d’un logiciel garantissant l’archivage à valeur probante est recommandée.
- Optez pour une double sauvegarde (cloud + local).
- Sécurisez l’accès avec un mot de passe fort et l’authentification à deux facteurs.
- Veillez à conserver une horodatation précise des modifications et envois.
Le e-reporting : une obligation complémentaire à la facturation électronique
En parallèle de la facturation électronique, la réforme introduit le e-reporting, qui consiste à transmettre à l’administration fiscale certaines données de transactions ne donnant pas lieu à une facture électronique. Cela concerne notamment les opérations avec des particuliers (B2C), les transactions avec des entreprises étrangères, ou encore certains encaissements réalisés par des auto-entrepreneurs non assujettis à la TVA. Le e-reporting ne porte pas sur l’envoi de la facture elle-même, mais sur la transmission d’informations clés telles que le montant de la transaction, la date, la nature de l’opération et, le cas échéant, la TVA collectée. Cette transmission s’effectuera automatiquement via une plateforme agréée, sans démarche manuelle supplémentaire pour l’utilisateur, à condition d’utiliser un logiciel de facturation conforme. L’objectif est de renforcer la lutte contre la fraude à la TVA tout en simplifiant, à terme, les obligations déclaratives des entreprises.
Impacts fiscaux et comptables pour les auto-entrepreneurs
La réforme ne modifie pas la fiscalité de base des auto-entrepreneurs, mais elle impose désormais des règles strictes de transmission et de traçabilité des données. La déclaration du chiffre d’affaires peut également être préremplie à partir des données transmises électroniquement.
Cela ouvre la voie à une simplification, mais nécessite rigueur et régularité dans la saisie des factures.
Cas particuliers, exemptions et questions fréquentes
Certaines structures sont exonérées : celles ne relevant pas de la TVA, les opérations hors du champ B2B ou en franchise en base. Toutefois, les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA sont concernés, y compris sous régime simplifié.
“Les auto-entrepreneurs non-redevables de la TVA n’ont pas d’obligation d’émission dans un premier temps, mais devront tout de même pouvoir recevoir les factures électroniques” — Ministère de l’Économie
Erreurs courantes en facturation électronique et comment les éviter
Voici les fautes les plus fréquentes :
- Envoyer un simple PDF sans données structurées.
- Ne pas renseigner le numéro de TVA intracommunautaire du client.
- Utiliser une plateforme non homologuée par l’administration fiscale.
- Mauvais encodage de la date ou des montants.
Un logiciel adapté limite considérablement ces erreurs et garantit automatiquement la conformité réglementaire.
Checklist de mise en conformité
- Choisir un logiciel compatible Factur-X et PA.
- Vérifier l’intégration automatique des mentions légales obligatoires.
- Mettre en place un archivage sécurisé pour 10 ans minimum.
- Réaliser une vérification manuelle des premières factures envoyées.
- Former ou s’auto-former à l’utilisation d’un logiciel homologué.


