Arrêt maladie en micro-entreprise : indemnités journalières, conditions, calcul

En 2026, un micro-entrepreneur relevant de la Sécurité sociale des indépendants peut percevoir jusqu’à 65,84 € d’indemnité journalière pendant un arrêt maladie. Le montant réel dépend toutefois du revenu moyen déclaré, de la durée d’affiliation et du respect d’un délai de transmission de 48 heures.

Arrêt maladie auto entrepreneur : quelles indemnités en 2026 ?

Un arrêt maladie auto entrepreneur ouvre droit à des indemnités journalières lorsque l’assuré remplit les conditions d’affiliation et interrompt réellement son activité. Pour un artisan, un commerçant ou un professionnel libéral non réglementé rattaché au régime général, l’indemnité correspond à 1/730 du revenu d’activité annuel moyen des trois dernières années civiles.

En 2026, le plafond annuel de la Sécurité sociale est fixé à 48 060 €. L’indemnité journalière des travailleurs indépendants relevant de la Sécurité sociale des indépendants est donc comprise entre 6,58 € et 65,84 € par jour. Elle est nulle lorsque le revenu annuel moyen retenu reste inférieur à 4 806 €, soit 10 % du plafond annuel.

La règle à retenir : un micro-entrepreneur ne reçoit aucune indemnité journalière si son revenu professionnel annuel moyen des trois dernières années est inférieur à 10 % du plafond annuel de la Sécurité sociale.

Le versement commence au 4e jour d’arrêt, après un délai de carence de trois jours. Pour une maladie ordinaire, la CPAM verse au maximum 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. En cas d’affection de longue durée, l’indemnisation suit un régime distinct et peut s’étendre sur trois ans.

Les micro-entrepreneurs couverts par la CPAM

Le régime concerne les artisans, commerçants et professions libérales non réglementées affiliés à la Sécurité sociale des indépendants. Les prestations sont instruites et versées par la CPAM, même si les cotisations sociales sont déclarées et réglées auprès de l’URSSAF.

Les professionnels libéraux réglementés affiliés à la CNAVPL ou à la CIPAV relèvent d’un dispositif particulier. Leurs indemnités sont versées du 4e au 90e jour d’arrêt. Le revenu pris en compte est plafonné à trois fois le plafond annuel de la Sécurité sociale. En 2026, l’indemnité journalière maximale atteint ainsi environ 197,51 €. Selon la caisse professionnelle, un régime d’invalidité ou de prévoyance prend ensuite le relais.

Les conditions pour percevoir les indemnités journalières

Le droit aux indemnités repose sur les articles L. 622-1 et D. 622-1 à D. 622-8 du Code de la sécurité sociale. Le simple fait de déclarer une micro-entreprise ne suffit pas. Plusieurs conditions doivent être réunies à la date de l’arrêt.

• Être affilié à un régime obligatoire d’assurance maladie au titre d’une activité professionnelle depuis au moins 12 mois.
• Exercer effectivement une activité indépendante au début de l’arrêt.
• Disposer d’un arrêt de travail prescrit par un médecin.
• Interrompre toute activité professionnelle pendant la période prescrite.
• Transmettre l’avis d’arrêt à la CPAM dans un délai de 48 heures.
• Avoir déclaré le chiffre d’affaires ayant servi au calcul des cotisations sociales.

Une activité salariée antérieure peut être prise en compte pour compléter la durée d’affiliation lorsque l’enchaînement entre les régimes s’est effectué sans interruption significative. La CPAM examine alors la continuité des droits à partir de l’historique d’assurance maladie.

L’arrêt impose une cessation réelle de l’activité. Le micro-entrepreneur ne doit plus réaliser de prestations, livrer des commandes, recevoir des clients ou assurer une mission facturable. L’encaissement d’une facture correspondant à un travail réalisé avant l’arrêt reste possible. Cet encaissement doit être déclaré à l’URSSAF selon les règles habituelles, car la micro-entreprise fonctionne sur la base des recettes encaissées.

Le cas du micro-entrepreneur qui cumule salariat et activité indépendante

En cas de cumul, la CPAM étudie séparément les droits issus de chaque activité. Le salarié transmet le volet destiné à son employeur et respecte les règles de maintien de salaire applicables dans l’entreprise. Pour l’activité indépendante, il doit également cesser les missions exercées sous le régime micro-social.

Micro-entrepriseDéclaration de chiffre d’affaires de l’auto-entrepreneur : mensuelle ou trimestrielle, le calendrier et les erreurs

Des indemnités issues des deux activités peuvent être versées si les conditions de cotisation sont remplies dans chaque régime. Leur cumul ne permet pas de poursuivre l’activité indépendante pendant l’arrêt prescrit pour l’emploi salarié, sauf autorisation médicale explicite et activité expressément permise sur l’avis d’arrêt.

Calcul de l’indemnité journalière du micro-entrepreneur

La CPAM ne calcule pas l’indemnité à partir du chiffre d’affaires brut. Elle retient le revenu professionnel après application de l’abattement forfaitaire correspondant à la nature de l’activité. Ce revenu est ensuite moyenné sur les trois années civiles précédant l’arrêt.

La formule applicable est la suivante : revenu d’activité annuel moyen ÷ 730. Le résultat reste limité au plafond propre au régime. Une forte progression récente du chiffre d’affaires n’entraîne donc pas immédiatement une indemnité élevée, puisque le calcul lisse les revenus sur trois ans.

Exemple chiffré d’un consultant à Lyon

Une micro-entreprise de conseil implantée à Lyon a encaissé 36 000 € en 2023, 42 000 € en 2024 et 45 000 € en 2025. L’activité relève des bénéfices non commerciaux. Après l’abattement de 34 %, les revenus retenus sont respectivement de 23 760 €, 27 720 € et 29 700 €.

Le revenu annuel moyen atteint 27 060 € : (23 760 + 27 720 + 29 700) ÷ 3. L’indemnité journalière brute s’élève à 37,07 € : 27 060 ÷ 730.

Pour un arrêt de 30 jours, les trois premiers jours ne sont pas indemnisés. La CPAM règle donc 27 jours, soit 1 000,89 € brut. Des prélèvements sociaux sont ensuite appliqués.

Effet d’une année sans chiffre d’affaires

Une année déclarée à zéro entre dans la moyenne et réduit directement le revenu de référence. Prenons une activité artisanale ayant encaissé 0 €, 20 000 € et 30 000 € sur trois ans. Après l’abattement de 50 %, les revenus retenus sont de 0 €, 10 000 € et 15 000 €. Le revenu moyen s’établit à 8 333 €, soit une indemnité d’environ 11,42 € par jour.

Le mécanisme pénalise les créations récentes, les activités saisonnières et les longues périodes sans recettes. Pour une entreprise de moins de trois ans, la CPAM utilise les années civiles disponibles selon les données transmises par l’URSSAF. Une absence de déclaration retarde l’instruction et ne doit pas être confondue avec une déclaration de chiffre d’affaires nul.

Procédure d’arrêt maladie et délai de paiement

Faire établir et transmettre l’arrêt sous 48 heures

Le médecin prescrit l’arrêt en précisant sa durée et les éventuelles restrictions de sortie. Lorsqu’il télétransmet les volets 1 et 2 à l’assurance maladie, le micro-entrepreneur conserve le volet 3. En cas d’arrêt établi sur papier, les volets destinés au service médical doivent parvenir à la CPAM dans les 48 heures, conformément à l’article R. 321-2 du Code de la sécurité sociale.

Un envoi tardif entraîne un avertissement lors du premier manquement. En cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois, la CPAM peut réduire de moitié les indemnités dues entre la date de prescription et la date d’expédition. Cette réduction ne s’applique pas si l’assuré justifie une hospitalisation ou une impossibilité matérielle de transmettre l’arrêt.

Déclarer les recettes encaissées pendant l’arrêt

Aucune formalité de cessation temporaire n’est déposée au guichet unique de l’INPI. La micro-entreprise reste immatriculée. Les échéances URSSAF continuent donc à courir. Le chiffre d’affaires encaissé doit être déclaré chaque mois ou chaque trimestre, même s’il correspond à des factures émises avant l’arrêt.

En l’absence d’encaissement, une déclaration à 0 € reste obligatoire. Les cotisations micro-sociales de 2026 représentent notamment 12,3 % pour la vente, 21,2 % pour les prestations de services BIC et 25,6 % pour les activités libérales BNC non réglementées. Ces taux ne sont pas prélevés sur les indemnités journalières.

Recevoir le paiement de la CPAM

La demande d’indemnisation ne supporte aucuns frais administratifs. Après validation du dossier, la CPAM verse les indemnités sur le compte bancaire enregistré, puis effectue généralement les paiements par périodes d’environ 14 jours. Aucun délai légal uniforme ne garantit le premier virement. Un dossier complet évite les demandes complémentaires portant sur l’affiliation, les revenus ou l’identité bancaire.

Les indemnités maladie supportent en principe la CSG au taux de 6,2 % et la CRDS au taux de 0,5 %. Elles sont imposables à l’impôt sur le revenu en application de l’article 80 quinquies du Code général des impôts. Les indemnités liées à une affection de longue durée exonérante bénéficient d’un traitement fiscal distinct.

Micro-entrepriseTVA en micro-entreprise : seuils 2026, franchise et dépassement

Les sommes versées par la CPAM ne constituent pas du chiffre d’affaires de la micro-entreprise. Elles ne figurent donc pas dans la déclaration mensuelle ou trimestrielle adressée à l’URSSAF et ne supportent pas les cotisations calculées selon le taux micro-social.

Pièges et cas particuliers pendant un arrêt maladie

Continuer à travailler malgré l’arrêt

La poursuite de l’activité expose à une suspension des indemnités et à une demande de remboursement. Une réponse à des courriels commerciaux, une intervention chez un client ou l’exécution d’une commande matérialisent une activité professionnelle. La délégation à un salarié ou à un sous-traitant reste envisageable si le micro-entrepreneur n’exécute lui-même aucune tâche et respecte les limites juridiques de son contrat.

Une reprise anticipée nécessite l’accord d’un médecin. La CPAM doit en être informée afin d’arrêter le versement. À l’inverse, une prolongation doit être prescrite avant la fin de l’arrêt initial, sauf circonstance médicalement justifiée. Elle est normalement établie par le médecin ayant prescrit l’arrêt initial ou par le médecin traitant.

Temps partiel thérapeutique

Une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique peut donner lieu au maintien partiel des indemnités journalières. Le médecin doit prescrire cette reprise et la CPAM doit l’accepter. Pour un micro-entrepreneur, l’absence d’horaires contractuels rend le contrôle plus délicat : la réduction des missions, des jours travaillés et du chiffre d’affaires doit rester cohérente avec la prescription.

Prévoyance privée et délai de carence

L’indemnité légale reste souvent inférieure au revenu habituel, notamment pour une activité commerciale dont seulement 29 % du chiffre d’affaires entre dans le calcul. Un contrat de prévoyance peut compléter la CPAM après une franchise de 3, 7, 15 ou 30 jours. Les conditions doivent préciser le revenu assuré, les exclusions médicales, la durée maximale d’indemnisation et le traitement des affections antérieures.

Les cotisations d’une prévoyance facultative ne sont pas déductibles du chiffre d’affaires dans le régime micro-fiscal. Le micro-entrepreneur bénéficie déjà d’un abattement forfaitaire et ne déduit pas ses charges réelles. Ce point doit être intégré dans le coût net de la couverture.

Ce qu’il faut retenir

• L’indemnité SSI atteint 6,58 € à 65,84 € par jour en 2026.
• Un revenu annuel moyen inférieur à 4 806 € n’ouvre aucun droit.
• L’arrêt doit être transmis à la CPAM sous 48 heures.
• Le versement débute après 3 jours de carence.
• La limite ordinaire est de 360 jours sur 3 ans.